故事将从沉睡在福萨马格纳的古代化石集合在一起，变成巨大的怪兽并前往东京的背景下展开。人类将其视为自然灾害，只有妖怪们注意到了真相，开始担心未来。这样下去世界就会灭亡。能够封锁这一现象的是继承了传说中妖怪猎人血统的琦玉县所泽市小学生渡边兄，被视为拯救世界的勇者的少年和卷入其中的妖怪们展开了大冒险。
突然出现在野原家面前的时间和空间调查员,说时空发生了扭曲，不应存在的怪兽从怪兽的世界进入了现实世界。怪兽出现3分钟后。3分钟后的未来那个怪兽不被打倒,在现实里怪兽要出现！为了抵御世界灭亡，野原一家担任了地球防卫这个重大使命。但是，连续不断强大的怪兽从后边开始出现，渐渐现实世界变得危险…